Kamizaka Haruhi daha çocukken bir büyücü tarafından kurtarılan bir genç kızdır. Büyücüden çok etkilenerek kendisi de bir büyücü olmak istemiştir. Böylece Büyü Bölümü ve Normal Bölüm olmak üzere iki ayrı kısma ayrılmış bir okula kaydolur. Yıllar önce onu kurtaran çocuğu bulup ona Sevgililer Günü çikolatası vermek isterken bir yandan da en iyi arkadaşı ve aynı zamanda rakibi Hiiragi Anri ile birlikte büyü üzerine eğitim almaya başlarlar.